多重PCR引物在Xp11.2易位/TFE3基因融合中的应用
摘要
目的 对Xp11.2易位/TFE3基因不同融合类型设计多重PCR引物,证实多重PCR联合Sanger法测序的可行性,旨在探讨引物设计的重要性.方法 选取已通过高通量RNA-Seq测序证实TFE3融合类型的标本23例,其融合类型包括PSF-TFE3 3种,PRCC-TFE3 3种,ASPL-TFE3 2种, FUBP1-TFE3 1种,NONO-TFE3 2种,RBM10-TFE3 1种,MED15-TFE3 1种以及MATR3-TFE3 1种共计14种,对其用设计好的多重PCR引物进行PCR扩增并联合Sanger法测序进行验证,该次实验分4个多重PCR反应,包括14条不同基因的正向引物以及4条TFE3反向引物.结果 23例标本均与高通量RNA-Seq测序结果完全一致,可见所设计的引物通过多重PCR联合Sanger法测序是可行的.结论该方法的优势在于利用4个多重PCR反应便可确定是否存在上述14种TFE3融合类型阳性,并通过反向测序便可确定具体融合类型.因此从试剂成本方面考虑,尤其在大批量标本的TFE3融合类型筛查过程中,该方法较高通量RNA-Seq测序有很大的优势.
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