miR-449a:WNT亚型髓母细胞瘤潜在的表观遗传学标志物
摘要
目的 筛选可能受甲基化调控的,与髓母细胞瘤(medulloblastoma,MB)WNT分子亚型相关的微小RNA(miRNA)分子标志物.方法 采用NanoString技术对45例原发性MB石蜡样本进行了包含22个经典MB亚型特异性基因的mRNA表达水平的检测,从而对肿瘤进行分子亚型鉴定.同时通过miRNA表达芯片检测去甲基化药物处理前后MB细胞系(Daoy、D283、D341)的miRNA表达情况,筛选出可能受甲基化调控的miRNA分子标志物,并用甲基化特异性PCR(MSP)和即时荧光定量PCR方法对其甲基化状态和表达水平分别进行验证.最后,对照分子亚型找到与MB亚型相关的受甲基化调控的miRNA.结果 45例MB除1例无法准确划分亚型外,其余44例中4例为WNT组,8例为SHH组,16例为Group3,16例为Group4.miR-449a在去甲基化药物处理前后的MB细胞系中表达水平具有明显差异,生物信息学分析确认了其启动子区CpG岛的存在,MSP方法进一步证明了部分肿瘤受启动子高甲基化的调控,且WNT亚型MB肿瘤样本中发现miR-449a存在相对高表达.结论 基于金标准(NanoString技术)对MB肿瘤进行分子亚型鉴定,并发现miR-449a在MB细胞系中受到甲基化调控,其可能为WNT亚型MB的分子标志物.
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