通过DNA甲基化测序来破译髓母细胞瘤的基因序列
摘要
表观遗传学的改变， DNA甲基化和核染色质结构的破坏，目前被认为是肿瘤发生过程中最普遍的的特征。这种现象也毫无例外的发生在儿童脑的髓母细胞瘤中。尽管从目前基因组学的研究中，对髓母细胞瘤取得较大的进展，然而四种不同分子亚型( WNT、SHH、Group 3及Group 3)间均存在许多不同的特点，许多案例仍缺乏明显的基因启动子。作者对34个人类和5个鼠类动物的髓母细胞瘤，加上8个人类和3个鼠类正常对照组进行深入分析，包括对整个基因组测序、RNA和染色质免疫共沉淀测序。这些综合性的数据，能够帮助我们从基因组学、表观基因组学和转录基因组学方面解释一些不同亚型间存在不同的特征，以及对髓母细胞瘤病理生理学方面的影响。低甲基化与基因表达的增加密切相关，导致转录起始位点下游数千个碱基对的扩增，不同亚型髓母细胞瘤不同的转录信号通路与转录因子结合位点区域的局部低甲基化有关，而甲基化的增加导致DNA甲基化过程中被抑制的核染色质正常化。甲基化影响大约三分之一的基因组学，导致其基因突变率增加，仅极少部分表现为基因沉默。表观遗传学的改变同样影响异常的髓母细胞瘤候选基因(例如 LIN28B)的变化，从而导致启动子和(或)信使RNA及microRNA表达的不同。通过对鼠类髓母细胞瘤和前体细胞甲基化的分析，表明许多改变都起源于前体细胞。这些数据能够使我们更好的了解转录和基因组的表观遗传调控髓母细胞瘤的发病机制。
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