应用基因芯片检测喉鳞状细胞癌甲醛固定石蜡包埋组织microRNA表达谱

李琳(中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所,癌发生及预防北京市重点实验室/病因及癌变研究室,北京协和医学院,100021);张宗敏(中国医学科学院,头颈外科,北京协和医学院,100021);刘宇(中国医学科学院肿瘤医院肿瘤研究所,癌发生及预防北京市重点实验室/病因及癌变研究室,北京协和医学院,100021);魏明辉(中国医学科学院,头颈外科,北京协和医学院,100021);薛丽燕(中国医学科学院,病理科,北京协和医学院,100021);邹霜梅(中国医学科学院,病理科,北京协和医学院,100021);邸雪冰(中

阅读：378 中华病理学杂志； 2010年39卷6

摘要

目的建立以甲醛固定石蜡包埋组织为材料、基于基因芯片技术的microRNA(miRNA)表达谱的分析方法 ;筛选与喉鳞状细胞癌(简称喉癌)生物学特征密切相关的差异表达miRNA.方法从喉癌甲醛固定石蜡包埋组织中制备总RNA,经质量鉴定后进行荧光标记.采用Agilent公司的容纳723条人类miRNA探针的基因芯片完成杂交实验,以获得喉癌的miRNA表达谱.以GeneSpring GX和R-Project软件处理分析基因芯片实验数据,筛选与喉癌转移相关的差异表达miRNA.结果从24例甲醛固定石蜡包埋组织标本中获得了符合基因芯片实验质量标准的RNA样品,并完成了基因芯片杂交及数据分析.从中共鉴定到319个miRNA,有96个miRNA在24例喉癌中均有表达,其中与淋巴结转移密切相关的(检错率<0.05)差异表达miRNA有5个,分别为miR-23a* 、miR-28-5p、miR-15a、miR-16和miR-425.结论甲醛固定石蜡包埋组织可以提供符合基因芯片分析质量要求的miRNA,是研究miRNA的重要样品资源.从喉癌的miRNA表达谱中筛选出的转移相关差异表达miRNA(miR-23a*、miR-28-5p、miR-15a、miR-16和miR-425)有可能成为评估喉癌转移风险的新型分子标志.

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