大数据分析:利用R语言对乳腺癌HER-2免疫组化进行质量控制
摘要
目的 利用R语言对乳腺癌HER-2免疫组化进行质量控制.方法 收集武汉大学人民医院病理科2015年6月～2018年3月临床病理信息库中,同时行HER-2免疫组化和FISH检测的857例乳腺癌.利用R语言对数据信息进行提取,统计分析乳腺癌HER-2分布情况、乳腺癌病理组织分型的FISH分布、失控风险与检测时间的关系.结果 基于R语言对数据进行提取、统计、分析,FISH检测结果:HER-2阳性率为29.7％,阴性率为68.7％,HER-2不确定率为1.6％;免疫组化HER-2(2+)的病例中,FISH阳性率为21.4％.免疫组化HER-2(3+)与FISH检测结果的一致率为98％.乳腺癌病理组织分型的FISH分布:乳腺浸润性导管癌阳性率为30.7％,阴性率为67.2％,不确定率为2.1％;乳腺导管原位癌+微小浸润的阳性率为73.7％,阴性率为26.3％;乳腺浸润性微乳头癌阳性率为53.3％,阴性率为46.7％.R语言还可统计失控风险与检测时间的关系,显示可能失控的病例,对病理医师具有警示作用.结论 R语言作为一种开源的统计分析语言,其提供了丰富的数据统计和字符串处理功能,运用R语言可对HER-2免疫组化染色进行质量控制,寻找可能的失控点,以便查找原因,杜绝失控.
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