全面分子筛选:从RT-PCR到RNA测序
摘要
到目前为止,对肿瘤和非肿瘤中mRNA表达的分析主要是通过RT-PCR方法.认为它是测定特定靶基因的拷贝数的金标准.RT-PCR的应用提示RNA转录水平可以辅助对各种疾病患者进行分类和预测其预后,这为一些重要的临床试验提供了依据.然而,定量PCR数据质量的固有变异性使其很难重复,并且分析某个基因需要在实验室耗费大量时间.此外,比较基因在不同的实验中的表达水平往往很困难,并且需要复杂的标准化方法.多年来,许多已开发的技术均未能很好地应用于临床.RNA测序是一个新的、简单而有效的用来测定转录组的构成及发现新的外显子或基因的方法.该技术的优点是可重复性高,测序范围广,对RNA样本量的要求低,即使没有基因组测序也能够检测新的转录和剪接.然而,这种RNA测序技术不可能取代目前的RT-PCR方法,但能够根据需求及医院和实验室的资源与其互补.先以RNA测序确定出部分基因,再利用RT-PCR方法进行进一步的检测.这两个互补的技术能够识别肿瘤所有的分子特征,若作为常规分析应用于癌症实验室,将有助于对病人的分类,同时可以协助肿瘤学家做出临床决策.
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