目的探讨在中国较大样本的胃肠道间质瘤(GIST)中c-kit基因和PDGFRA基因的突变状况,为进一步的生物靶向治疗提供依据.方法用免疫组织化学EnVision法、聚合酶链反应(PCR)扩增和直接测序的方法,检测165例GIST c-kit基因9、11、13和17号外显子突变以及PDGFRA基因12和18号外显子突变.结果病理组织学诊断的165例GIST病例中有155例(94%)免疫组织化学显示CD117阳性.在CD117阳性的GIST中,c-kit基因总突变率为76.1%(118/155):分别为11号外显子67.1%(104/155)、9号外显子7.1%(11/155)、13号外显子1.3%(2/155)和17号外显子0.6%(1/155).绝大多数为杂合性突变,少数为纯合性突变.11号外显子的突变位点多集中在5'端的经典热点,其次为3'端的框内串联重复.后者主要以核分裂象少的老年女性胃部病例多见.9号外显子突变代表一类发生在年轻男性体积较大的小肠病变.13号外显子发现一处新的突变点L641P.PDGFRA基因突变见于50%(5/10)CD117阴性病例,均为18号外显子突变,包括常见的D842V点突变和一个框内843～846处IMHD缺失伴有S847T的新突变.PDGFRA基因突变多见于发生在后腹膜/网膜的具有高度侵袭危险性的病例.结论中国GIST病例大多数存在c-kit基因和PDGFRA基因的突变,且在基因突变类型和肿瘤原发部位间有非随机的联系.除了发现几个新的突变形式外,国人的GIST似乎和西方国家有些不同的突变特点.靶向治疗需要基因突变分型的启示和指导.