急性缺血性卒中相关基因的筛选和验证
摘要
目的:通过分析基因表达谱,探讨缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)的分子机制和诊断标志物.方法:下载GEO数据库中缺血性卒中患者和对照组的基因芯片数据,使用Pubmed提供的GEO2R软件和R语言筛选出具有显著意义的差异基因(differential genes,DEGs);利用Metascape进行基因本体(gene ontology,GO)与酶和通路数据库(Reactome)基因集分析;使用STRING在线分析工具和Cytoscape软件分析出关键基因;最后,收集急性卒中患者外周血,通过RT-PCR进行验证.结果:通过分析IS患者外周血基因芯片数据集,共筛选出20个差异表达基因;基因注释和信号途径分析表明,这些差异表达基因主要参与中性粒细胞脱颗粒、对外来生物刺激反应、细胞因子生产、有机阴离子运输、对脂肪酸的反应和中性粒细胞迁移等.使用Cytoscape和MCODE插件进一步分析,筛选出5个关键基因(MMP-9,OLFM4,ORM1,FOLR3和ARG1);RT-PCR证实ARG1和MMP9 mRNA在IS患者外周血中过表达.结论:缺血性卒中伴随多个基因表达异常,本研究为探索IS的发病机制和开发新的诊治疗策略提供了线索.
我要评论
共0条评论