目的 对比分析即时定量PCR-Sanger测序与TaqMan探针法检测KRAS、BRAF基因突变的应用价值；探讨结直肠癌KRAS和BRAF基因突变与临床及病理的相关关系.方法 收集2008至2012年344例结直肠癌标本,经4％中性甲醛液固定、石蜡包埋组织后切片、刮取富集肿瘤细胞后提取DNA,应用即时定量PCR-Sanger测序与TaqMan探针两种方法检测分析KRAS、BRAF基因的突变阳性率、突变类型及其与临床病理特征和生存时间的相关性等.结果 即时定量PCR-Sanger测序与TaqMan探针法检出KRAS基因突变率分别为39.8％ (137/344)和38.7％(133/344),BRAF基因突变阳性率分别为4.7％ (16/344)和4.1％(14/344),两种方法结果差异无统计学意义(P＞0.05).KRAS基因突变阳性率女性高于男性；BRAF基因突变阳性率结肠高于直肠,Ⅲ～Ⅳ期高于Ⅰ～Ⅱ期,印戒细胞癌高于黏液癌,非特殊类型腺癌最低,Ⅲ级高于Ⅱ级,差异均有统计学意义(P＜0.05).两种方法总符合率为98.8％(Kappa值0.976).BRAF基因突变型与KRAS基因突变型的患者生存时间差异有统计学意义(P =0.039),BRAF基因突变型与BRAF/KRAS野生型的患者生存时间差异无统计学意义(P=0.058).结论 (1)与Sanger测序法相比,TaqMan探针法具有操作简便、耗时短、效率高、重复性好、费用低以及不需特别仪器设备等优点,具有更高的临床应用价值；(2)结直肠癌中KRAS基因突变率与性别具有相关性,而BRAF基因突变率与原发部位、临床分期、组织学类型及组织学分级具有相关性；(3) BRAF基因突变是结直肠癌患者的独立预后因素.