目的:探讨不同类型脊索肿瘤的临床病理特征及其诊断、鉴别诊断。方法:收集2008—2019年间上海交通大学附属第六人民医院病理科诊断的48例脊索肿瘤临床、影像及病理资料，免疫组织化学做广谱细胞角蛋白（CKpan）、S-100蛋白、波形蛋白、Brachyury和INI1检测，结合第5版WHO骨和软组织肿瘤分类新标准，分析各型脊索肿瘤的病理鉴别诊断和生物学行为的差异。结果:4例良性脊索细胞瘤，均限于椎体内，镜下为骨小梁间片状分布的空泡状脂肪样细胞，边界清楚，胞质透明，细胞核中位或偏位，无异型，未见核分裂象；无细胞外黏液基质，缺乏分叶状结构。2例差分化亚型，年龄分别为12岁和21岁，均位于颈椎；肿瘤细胞呈片状分布，无明显的分叶结构，胞质嗜酸性，部分细胞呈横纹肌样，偶见小的空泡状细胞。核圆形或卵圆形，有中度异型，可见核分裂象。局灶区域见细胞外黏液。40例经典型脊索瘤，影像学均呈溶骨性骨质破坏，并累及骨旁软组织；有分叶结构，丰富的黏液样基质，片状或条索状排列的上皮样肿瘤细胞，胞质呈空泡状或嗜酸性；核有异型和核分裂；侵及周围软组织。2例中轴骨外脊索瘤，镜下结构类似经典型脊索瘤。48例全部表达CKpan，45例表达Brachyury，2例差分化亚型INI1/SMARCB1表达缺失。结论:脊索肿瘤包括良性的脊索细胞瘤和恶性的脊索瘤两大类，脊索瘤有经典型、去分化、差分化和中轴骨外4种亚型，软骨样脊索瘤不是独立的组织学亚型。各型脊索瘤有独特的临床病理特征。Brachyury对各型脊索肿瘤的诊断有高度特异度和灵敏度。好发于儿童和青少年的差分化脊索瘤形态特殊，需Brachyury和INI1/SMARCB1联合检测进行鉴别诊断。