乳腺恶性叶状肿瘤是一种少见的具有潜在侵袭性的肿瘤，关于这一肿瘤的文献报道较少，针对其进展和转移缺乏有效的治疗方案。恶性叶状肿瘤的分子特征尚不明确，深入了解此肿瘤的遗传学可能有助于其发病机制和肿瘤进展的探索，并可能找到新的治疗方法。

我们测序了10例恶性叶状肿瘤的510个癌症相关基因，其中5例伴有脂肪肉瘤样分化，1例伴有粘液软骨肉瘤样分化。肿瘤异质性是通过测序7个肿瘤的两个不同区域来评估，包括异种分化肿瘤的非异源性和异源性成分。在2个肿瘤中检测到FGFR1基因突变热点的激活。其他的复发性突变基因包括TERT启动子（6/10），TP53（4/10），PIK3CA（3/10），MED12（3/10），SETD2（2/10）和KMT2D（2/10）。另外，在8个（80%）肿瘤中检测到FGFR/EGFR受体PI-3K和RAS通路发生染色体突变，包括互相抑制和潜在的促进激活FGFR1、PIK3CA和BRAF V600E突变，使TSC2突变失活，并使EGFR扩增和PTEN缺失。7个（70%）恶性叶状肿瘤发生TERT突变（6个启动子突变，1个扩增）。

通过Sanger测序法检测12例交界性叶状肿瘤和8例良性叶状肿瘤并与恶性叶状肿瘤对比确定TERT启动子发生突变（P = 0.391，P = 0.013）。恶性叶状肿瘤的遗传特征具体包括脂肪肉瘤样分化和CDK4/MDM2扩增，均未被确定。拷贝数分析显示肿瘤具有异质性，具有异源性分化的恶性叶状肿瘤有不同的肿瘤演化。具有脂肪肉瘤样分化肿瘤的非异源性成分更容易发生染色体突变。EGFR扩增具有异质性，而且只发生在有脂肪肉瘤样分化肿瘤的非异源性成分中。

本研究结果表明，新的通路参与恶性叶状肿瘤的发病机制，显著提高了我们对肿瘤生物学的认识，具有潜在的临床意义。